Վարաժնունին սերում է Այրարատ աշխարհից Վասպուրական տեղափոխված Վարաժնունիների նախարարական տնից: Ըստ Խորենացու` տոհմը ծագում է Վարաժ նահապետից, ում Արտաշես արքան կարգել էր «իշխան արքունականացն որսոց (արքունի որսապետ) եւ շենս պարգեւեալ նմա առ Հրազդան գետով»: Վարաժնունիների մասին հիշատակում է նաեւ Սեբեոսը: Հունական աղբյուրները նրանց անվանում են Վահրամյան։ 

Ադոնցն ասում է, որ Վարաժնունին եղել է Վարդաս Սկլերոսի ապստամբությանը մասնակցած Սահակ-Վահրամ զորավարի սերնդից։ Մատթեոս Ուռհայեցու վկայությամբ կրթություն է ստացել հորեղբոր` ժամանակի նշանավոր գիտնական Հովհաննես Կոզեռնի մոտ, Հարսան Մսուր գավառի Զովրի Կոզեռն վանքում (Կոմմագենե)։ Քաղկեդոնականություն ընդունելու համար արժանացել է ժամանակի հայ պատմիչների անխնա քննադատությանը: Ուռհայեցին գրում է. «Սա ելեալ յանապատէ եւ եղեւ պիղծ անապատի»: Կիրակոս Գանձակեցին Փիլարտոսին համարում է փախստական հայերի կամ ավազակների առաջնորդ: Վարաժնունու սկզբնական գործունեության մասին վկայություններ կան նաեւ Միքայել Ասորու «Ժամանակագրության» մեջ:

Վերջինս գրում է, որ սելջուկյան արշավանքների ժամանակ 50 հայեր, որոնք զբաղվում էին թուրքերին կողոպտելով, գալիս են Մարաշ, որտեղ գտնում են Փիլարտոսին, ով դառնում է նրանց առաջնորդը, հզորանալով մտնում Կիլիկիա եւ թուրքերից գրավում Քեսունը, Մարաշը, Ալպսթանը, հետագայում Մելիտենեն, Խարբերդը, Ուռհան եւ այլ բազում բերդեր: Ասորու վկայությունն է հաստատում արաբ պատմիչ Աբու-լ Ֆեդան. «Եւ այն ժամանակ, երբ հույները թուլացած էին եւ թուրքերը ամենուրեք գրավել էին, մի խումբ հայեր, որոնք քաջ ու հանդուգն մարդիկ էին, իրար միացան ու կազմեցին 50 հոգուց բաղկացած մի հրոսակախումբ, գնացին հույների երկրները, կողոպտեցին ու ավերեցին: Նրանք, իրենց առաջնորդ Փիլարտոսի առաջնորդությամբ, սկսեցին գրավել Կիլիկիայի ամրությունները եւ բազմացան»: 

Բյուզանդիայի արքայադուստր և պատմիչ Աննա Կոմնենան հայորդուն բնութագրում է որպես «արիութեամբ ու խոհեմութեամբ աչքի ընկնող անձնավորութիւն»։ Ծառայության անցնելով բյուզանդական բանակում՝ Վարաժնունին հասել է «դոմեստիկոսի» տիտղոսի։ Կայսր Ռոմանոս Դ Դիոգենեսը 1070-ին դեպի Խլաթ կատարած արշավանքի ժամանակ նրան է վստահել բանակի հրամանատարությունը։ Մանազկերտի ճակատամարում (1071թ.) բյուզանդացիների պարտությունից հետո՝ հայ իշխանն ստեղծել է հայկական ընդարձակ իշխանապետություն (Հայկական լեռնաշխարհի հարավ-արեւմուտքում` ներառյալ Կոմմագեննեն, Հյուսիսային Ասորիքը, Կիլիկիայի ու Վերին Միջագետքի որոշ տարածքներ)՝ Մարաշ կենտրոնով։ Քեսուն կենտրոնով մեկ այլ հայկական իշխանության հիմնադիր Գող Վասիլը Փիլարտոսի վասալն էր: 

Հույները չեն հաշտվել հայկական պետական կազմավորման առաջացման հետ, բայց անկարող լինելով պայքարել սելջուկների դեմ` առժամանակ փորձել են լեզու գտնել հայերի հետ եւ նրանց զինական ուժերն օգտագործել կայսրության արեւելյան սահմաններն անառիկ պահելու համար: Հաշվի առնելով, որ Փիլարտոսի իշխանության տիրույթներում հայերի հետ համատեղ ապրում էին նաեւ մեծ թվով հույներ` արաբ ժամանակագիր Իբն ալ-Քալանիսին Վարաժնունուն անվանում է «հայերի ու հույների թագավոր»։ Զինված ուժերը համալրելով հայազգի զինվորներով, նա կարողացել է առժամանակ կասեցնել սելջուկ թուրքերի առաջխաղացումը դեպի Բյուզանդիայի արեւմտյան շրջանները։ Կայսրությունը ստիպված ճանաչել է Վարաժնունու իշխանապետությունը եւ նրան շնորհել «Սեբաստոս» տիտղոսը, որը «Կեսարից» հետո երկրորդ բարձր տիտղոսն էր Բյուզանդիայում։ Փոխարենը հայոց իշխանն ընդունել է քաղկեդոնականություն։ «Այս թոհուբոհին մէջ,_ գրում է Ծերուն-Երվանդ Հ. Քասունին,_ հակարծ կբարձրանայ դեմքը Փիլարտոս Հայի, որուն զինվորական եւ դիվանագիտական ընդարձակ գործունեութիւնը կը յաջողի խաղաղութեան գոտի մը ստեղծել Եփրատացւոց աշխարհին մէջ ու նոր հույսեր ներշնչել շրջանի հայութեան»: 

1073-ին Վարաժնունին փորձել է իր տիրույթների մեջ ներառել Սասունը, բայց Ալելուա դաշտում (Ծոփքի Անձիտ գավառ) տեղի ունեցած  ճակատամարտում պարտություն է կրել Թոռնիկ իշխանի զորքերից։ Նրան հաջողվել է բյուզանդացիներից գրավել Ուռհան (Եդեսիա) ու Անտիոքը։ Իր իշխանապետությանը հայկական պետականության տեսք տալու նպատակով Վարաժունին Ջհան գավառի Հոնի քաղաքում կաթողիկոս է ձեռնադրել Պետրոս Ա Գետադարձի քեռորդուն՝ Աարգսին։ 

1083-ից նրա իշխանապետությունն սկսել է թուլանալ: Սելջուկները ներխուժել են Վարաժնունու տիրույթները: Իրեն ենթակա քաղաքներում սկսված երկպառակությունների պայմաններում, տեսնելով, որ պետությունը կործանվում է, նա մեծաթիվ գանձերով գնացել է Մելիքշահի մոտ` խնդրելով նրանից «քաղցրութիւն եւ խաղաղութիւն ամենայն հաւատացելոցն Քրիստոսի»: Հանդիպելով անտարբեր վերաբերմունքի` հրաժարվել է քրիստոնեությունից, ընդունել մահմեդականություն, կարծելով, որ սելջուկների կողմից պատվի կարժանանա եւ օգտակար կլինի իր ժողովրդին: Ուռհայեցին գրում է, որ նա այդ քայլով ոչնչի չհասավ: 

Իշխանությունը վերականգնելու բոլոր հույսերը կորցնելուց հետո` նա վերստին դավանում է քրիստոնեություն, մտնում վանք եւ այնտեղ էլ 1090-ին կնքում մահկանացուն: Վարաժնունու իշխանության գոյությունն ու հայ իշխանի գործունեությունը նպաստավոր պայմաններ ստեղծեցին մեկ այլ հայ իշխանի` Ռուբենի ստեղծած իշխանության կայացման, ամրապնդման ու ընդարձակման համար: 

ՀԳ - Պահպանվել են Փիլարտոս Վարաժնունու արճճե կնիքները։