Եթե Խրիմյանի գործունեության առաջին շրջանը կապված էր գլխավորապես Օսմանյան ավազակապետության հետ, ապա նրա կյանքի վերջին տարիները խռովեցին ցարական կառավարության հակամարդկային գործողությունները: Ինչպես բազմիցս նկատել են քաղաքագետներն ու պատմաբանները՝ «Ռուսաստանը մրցում է Տաճկաստանի հետ պետական կյանքի բոլոր ասպարեզներում... Եվ վատաբախտ հային վիճակված է ապրել, օր-արև տեսնելու իրավունք հայցել» այդ երկու մահաբեր բռնապետությունների սահմաններում՝ «սատանային ու խոր ծովին միջև»:
1903 թ. հունիսի 12-ի օրենքով, որը Հայրիկը որակեց իբրև «տարօրինակ օրենսդրություն», Հայ եկեղեցու կալվածքները, գույքն ու ավանդները փոխանցվում էին ռուսական կայսրության համապատասխան նախարարությունների տնօրինությանը: 83-ամյա Ամենայն Հայոց Հայրապետը հերոսական, աննահանջ պայքար ծավալեց այդ որոշման դեմ․․․ Գույքի չհանձման մասին Հայրիկի հրամանը ոտքի հանեց ժողովրդին։ Անդրկովկասի հայությունը դիմեց հնարավոր ու անհնարին բոլոր միջոցներին՝ իշխանություններին հակահարված տալու եւ ազգային արժանապատվությունը պաշտպանելու համար։
Անհավասար պայքարում հայությունը հաղթեց և 1905-ի օգոստոսի 1-ին հրապարակվեց ցարի հրամանագիրը՝ հայ եկեղեցու գույքը վերադարձնելու և ազգային դպրոցները վերստին բանալու վերաբերյալ: Վճռական դերը այս հարցում, անշուշտ, Խրիմյանինն էր․․․ Հայրապետն ակտիվ գործունեություն ծավալեց նաեւ ռուսական իշխանությունների հրահրած հայ-թաթարական ընդհարումների դադարեցման եւ արեւելահայության անվտանգությունն ու ինքնապաշտպանությունը կազմակերպելու համար։
Հայոց Հայրիկի նվիրական իղձն էր տեսնել հարազատ ժողովրդին միասնական ու միակամ՝ հավաքված հայրենիքի շուրջը: Ազգի ուժերի համախմբման հայրենաշեն գործը նա կատարում էր նաև կաթողիկոսական պաշտոնագրերով: 1905 թ. մարտի 10-ի կոնդակով ազգահավաքման, հայրենադարձության կոչ էր անում եվրոպաբնակ հայերին. «Արիք, պանդուխտ և տարագիր հայք, ելեք և փութացարուք հայրենի աշխարհ ձեր... արիք և շինեցեք զավերակսն և բնակեցեք ի նոսա, աճեցեք և բազմացարուք և լցրեք զերկիրն, երկիրն զօր ետ Տեր հարց ձերոց»:
